The Callisto Protocol je po mnogi stvari je sličan Dead Space serijalu, što i ne čudi jer igra s tim serijalom dijeli i glavnog reditelja. No, jedna je razlika bila očita. Dok je strateško kidanje udova predstavljalo ključnu mehaniku gameplaya u Dead Spaceu, The Callisto Protocol nije se vodio tim primjerom… sve do sada.
Novo ažuriranje igre tako je donijelo Dismemberment Mode, koji je u suštini isto ono što ima i Dead Space. Protivnike tako od sada možete usporiti tako da im pucate u noge ili ih osakatiti pucajući im u ruke. A s obzirom da su protivnici u The Callisto Protocolu inače vrlo agilni, ovakvo što dobro će doći u nekim budućim prelascima igre.
Isto tako, dobro dođe i opcija prekidanja cutscena, koja je također dodana u novoj verziji igre.